Non sono un chimico né un biologo, ma mi sembrano tanto batteri
Da quanto tempo è avviata la vasca?
Assomiglia molto alle "esplosioni batteriche" tipiche delle vasche in fase di maturazione che presentano appunto instabilità che sfociano in queste od altre manifestazioni (alghe).
Normalmente si risolvono da sole nel giro di poco.
Intanto fai un moderato cambio d'acqua (già che ci sei, se usi quella di rubinetto controlla se hanno già loro NO3, può capitare...)
Hai modo di misurare i nitriti?
Circa la disposizione dei materiali, direi che è corretta: l'acqua passa prima attraverso i cannolicchi e successivamente nella spugna che trattiene il particolato residuo.