A suo tempo l'ho fatto anche io ... e ci ho sbattuto la testa perchè poi inevitabilmente i granelli si mischiano ed il ghiaino rosso tornerebbe a vista specie se ci sono pesci o lumache che scavano.
Si potrebbe usare un setaccio
Comunque la soluzione più semplice e rifare il fondo nuovo e magari evitare stratificazioni ... poi ognuno trova la sua strada con il tempo
Vedo se riesco a trovare qualche mio vecchio post visto che la cosa l'ho fatta un paio di volte