Ciao Samu!
il cibo congelato è diverso da quello vivo in realtà, anche se a livello nutritivo è abbastanza simile!
Riguardo alla paura di patogeni e batteri non è affatto infondata devo dire, perchè la possibilità c'è, seppur remota.
A tal proposito però posso dirti che se un pesce è in salute (grazie anche ad una buona alimentazione) è in grado di resistere agli attacchi di batteri perchè ha delle buone difese immunitarie. Un pesce si ammala più facilmente se è stressato/debilitato/mal nutrito...
I batteri poi sono inseriti quotidianamente in acquario, anche quando ci mettiamo un dito o una qualunque cosa proveniente dall'esterno (anche l'aria)...per cui diventa secondo me eccessivo farsi delle paranoie sui batteri che finiscono in acquario!
Io ai miei pesci somministro sia vivo trovato all'aperto (zanzare, moscerini, chironimidi nostrani) sia congelato; il consiglio che posso darti è quello di comprare alimenti di qualità e ben conservati...per il resto non farti troppi problemi perchè c'è da impazzire appresso ai batteri!
P.s. considera anche che molte persone (me compreso) l'estate mettono all'aperto i pesci e si nutrono di quello che trovano...per cui insetti, larve, vermetti e quant'altro lo mangiano senza avere grossi problemi!