Partiamo dal fatto che sono due fondi privi di nutrimenti.
Hanno granulometria diversa: il ghiaino è piu' grosso quindi a confronto con la sabbia fa circolare più acqua tra i granelli (migliora quidni l'attività batterica sul fondo); questo fa sì che anche i residui di cibo o dei pesci si infilino in profondità dove verranno decomposti dai batteri; nella sabbia invece si fermano in superficie.
La sabbia solitamente è inerte mentre il ghiaietto può facilmente essere calcareo (dovresti fare un test con il viakal o simile).
Esteticamente la sabbia è più bella del ghiaino (ma sono gusti personali) ma per una vasca di piante tra i due opterei per la ghiaia non fosse per altro che le radici possono svilupparsi meglio.
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questo articolo di Luigi è molto interessante.
Io ho provato diversi fondi ed alla fine ho optato per la sabbia... con i multistrato inevitabilmente mi si sono sempre rimescolati i fondi;con il ghiaino non mi sono trovato male ma esteticamente preferisco la sabbia anche perchè gli ospiti in vesca. Devi stare solo attento a non esagerare con l'altezza.