Di spugne ne esistono diversi tipi, sulla bocca di aspirazione prova a mettere quella a grana grossa.
Se non hai in giro piccoli di pesci o di Caridina, penso che tu possa lasciare la bocca di aspirazione libera. Quei filtri/pompe sono progettati per funzionare così

Nella tua vasca la bocca di aspirazione è molto vicina al fondo?