Dico la mia, le 'zozzerie' sparate dal filtro sono l'ultimo dei problemi, ma solo estetici fino a quando non si depositano, non farti problemi e, se ricapita, stai tranquillo
Le spugne in basso non andrebbero mai toccate anche se, ogni 2 - 3 anni se ne può cambiare una (in quel caso è il fondo il filtro quasi principale della vasca - dipende molto dal movimento d'acqua e ossigeno che lo lambisce)
La sifonatura del fondo conviene o meno farla più in base alla 'quantità di escrementi' dei pesci ... per alcuni pesci è quasi d'obbligo sifonare, per altri meglio non farlo proprio. Per sifonatura intendo solo quella molto superficiale che raccoglie il primo millimetro del fondo
Andando più in profondità si eliminano 'schifezze' ma moltissimo materiale biologico nitrificante, quindi, conoscendo la propria vasca, si decide per il meglio.
Che i pesci spariscano in pochi giorni è normale in vasche mature, che muoiano 3 pesci direi proprio di no a meno che qualche pesce abbia iniziato a 'menare' gli altri
Sai solo tu cosa ha fatto al filtro e quando fossero 'anziani' i pesci, verifica gli NO2 per sicurezza