Io faccio così: dopo un po' che ho spento l'areatore in superficie si accumulano i gusci vuoti dei naupli e li levo manualmente (con un cucchiaino); poi rimangono i naupli vivi che vedo nuotare e sul fondo qualche uova che non si è schiusa (ma è un numero ininfluente), allora verso il contenitore in un setaccio per artemie che mi sono costruito, magari lascio l'ultimo goccio dove sono le uova, ma non me ne preoccupo più di tanto!
Fatto questo sciaquo i naupli in un altro contenitore con acqua dolce e poi con la siringa li do ai pesci (a volte li do direttamente dal passino dopo averli sciacquati)
Comunque prova anche i cicplos, io li ho comprati congelati e sono piccolissimi, degni sostituti dei naupli dopo i primi giorni di crescita! se passi a roma con una borsa frigo te li faccio provare!