E' una cosa che ho già fatto quando mi si ruppe il vetro di fondo della mia prima vasca, allestita da appena un mese.
Recuperai tutto cercando, per quanto possibile, di dividere il ghiaino superficiale dal terriccio sotto stante ... impresa non proprio facile.
Puoi aiutarti con una paletta (quelle larghe per la scopa) o quelle giocattolo, che sono più piccole

andando ad 'affettare' il fondo un po alla volta.
Per me però potresti semplicemente togliere tutto con calma e rifare il layout mantenendo acqua e filtro in vasca (pure i pesci): togli gli arredi e le piante e rimetti il tutto come ti piace, normalmente io faccio così quasi ad ogni manutenzione della vasca ... ma ho il fondo di unico materiale.
Rimosso il fondo fertile ovviamente è possibile reinserirlo, più che usarlo come 'fertilizzante' (se è vecchio diciamo che mediamente non è più molto fertile) va bene come 'filtro biologico' ... ma ne basterebbero pochi ml da mettere sotto il fondo nuovo
Il problema grosso è proprio dividere il ghiaino dal fondo fertile ... viene comunque un miscuglio difficile da gestire ... tranne se non intendo mettere del ghiaino nuovo di altro colore.
ps. meglio non usare aceto in vasca visto che non la puoi sciacquare dopo