Avevo capito, probabilmente sbagliando, che volevi fare il filtro fisso, ossia sfruttando come 2/3 pareti del filtro i vetri della vasca, ma credo di aver capito ora che invece vuoi fare una scatola indipendente, estraibile, come fosse un filtro commerciale, è così?
Comunque sia, come ha detto Giudima, non ridurre troppo le dimensioni. Il volume del filtro non dovrebbe scendere, grosso modo, sotto il 5/6% della capacità della vasca.
Se il filtro è tutto in Plexiglas, ma che sia veramente polimetilmetacrilato (Plexiglas è solo uno dei nomi commerciali, vedi Wikipedia), dovresti usare le colle apposite che dovresti trovare dove comprerai il Plexiglas. In questo caso ovviamente non avrai necessità di vuotare la vasca
