In un filtro interno a scomparti se, a filtro attivo, si svuota lo scomparto pompa mentre gli altri scomparti mantengono lo stesso livello dell'acqua in vasca significa che i materiali filtranti sono intasati, se invece anche il livello dei primi scomparti è più basso del livello in vasca significa che sono intasate le bocchette di aspirazione.
Comunque è buona norma, in caso di cambi di notevole entità (ed il 30% lo è), spegnere il filtro (ed il riscaldatore) e, a cambio effettuato, aspettare che si stabilizzino i livelli prima di riattivare il filtro. Se non avete spento il filtro, il flusso d'acqua, con l'abbassamento del livello, si sarà comunque interrotto e poi reimmettendo l'acqua avrà ripreso un po' violentemente la sua azione sputando in vasca parte dei fanghi/flocculato che è normale ci sia in fondo al filtro stesso.
Riguardo all'ammoniaca: altissima quanto? Ed il pH quanto è?
Tenere presente che quel che si misura con i test per acquario è NH3 + NH4+ e quanto c'è di ammoniaca e ione ammonio (meno tossico) dipende dal pH (solitamente c'è una tabellina nelle istruzioni del test).
Come già consigliato, se il problema per i pesci persiste, attivate un aeratore.
Se c'è qualcosa di poco chiaro in quel che ho scritto o se le mie ipotesi di partenza sono errate, fatemelo sapere
