L'acqua è ambrata perchè il legno rilascia i tannini, una cosa molto utile ai pesci perchè protegge le membrane dalle infezioni e acidifica un pochino l'acqua!
Se l'effetto ti piace io lo lascerei senz'altro per la sua utilità!

Se vuoi l'acqua più limpida invece una volta maturato l'acquario (ora non toccare niente) puoi inserire un po' di carbone attivo nel filtro!
Senti ma hai già pensato a qualche pesce da inserire?