ma nelle 2 settimane il filtro era acceso vero?
comunque fare tutti quegli interventi sul materiale filtrante non è stata una buona idea, perchè così facendo hai praticamente distrutto la flora batterica che si stava pian piano creando.
per quanto riguarda nitriti e nitrati in realtà 2 settimane mi sembrano giuste per il picco dei nitriti, certo che ora tutto ciò non conta perchè nella vasca grande devi ripartire da zero con la maturazione.
per quanto riguarda la muffina che c'era sulla radice, se era una sorta di gelatina trasparente era mucillagine, niente di pericoloso e piuttosto frequente per i legni appena introdotti (la bollitura aiuta, ma non elimina necessariamente il problema). puoi benissimo toglierla a mano, ma non ti preoccupare che appena metterai i pesci non ne vedrai più
forse lo sai già, ma ricordati che i cannolicchi del filtro non vanno MAI toccati a vasca avviata, e anche tutto il resto con molta cautela! (è comunque sconsigliabile sostituire l'intera massa filtrante tutta in una volta, provochi grandi danni alla colonia di batteri)