L'operazione non è semplice ma neanche impossibile.
Allora io toglierei l'acqua e la metterei in un secchio Nuovo o comunque mai usato con detersivi.
Poi ci metterei il filtro dentro mantenendolo acceso e funzionante (così non pregiudichi la flora batterica) con dentro il pesce.
Infine svuoti tutto l'acquario, visto lo stato butterei sicuramente il fondo, e riallestirei.
Per il legno se proprio vuoi tenerlo almeno lo bollirei per 10
minuti così sei sicuro di sterilizzarlo.