Ti consiglierei di utilizzare entrambi i filtri per un bel periodo, ma neanche tanto per il timore di un improbabile (se la vasca è matura da tempo) nuovo picco di nitriti, ma per vedere se i problemi di "sporcizia" (definisci meglio cosa intendi) si risolvono. Se neanche così dovessero risolversi avrai comunque avuto una indicazione sull'opportunità di prendere un filtro più potente (quando potrai)
Però mi sembra strano che le bocchette di quello interno non aspirino per niente, sicuro che i materiali filtranti non siano intasati o che le bocchette non siano ostruite, anche parzialmente, da detriti?
Se, verificato quanto sopra, in quel filtro interno (che non conosco) è possibile sostituire facilmente la pompa, prova a prenderne una un po' più potente