credo che 1 cm davanti in effetti sia un po' poco, magari aggiungine 1 (ma a guardare la foto del profilo, mi sembra che ci sia più di 1 cm...). x le piante, cosa intendi che vanno troppo in profondità? una volta che le pianti, le radici si sviluppano e trovano da sè il nutrimento.
x le alghe può esserti utile diminuire un po' la fertilizzazione (d'altra parte l'acquario è allestito da poco e il fondo fertile è ancora ricco). l'alga marroncina a me è venuta come a te dopo un paio di mesi (avevo appena inserito un legno e all'inizio pensavo fosse x questo che si colorava la sabbia...), è durata quasi un mesetto, poi se n'è andata a poco a poco...
le chiazze verdi vedi se riesci ad aspirarle man mano che si formano senza rimuovere troppa sabbia, così ne limiti la proliferazione.
(poi non è che io sia una super-esperta... ti scrivo le mie esperienze fatte appena 6 mesi prima di te! qindi prendile per quel che sono
).