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faby 28-09-2009 14:59

Quote:

... comunque stiamo scivolando OT
ma no dai... l' argomento è correlatissimo...

Quote:

per gli stomi premetto che non so come sono fatti quelli di piante acquatiche, che problemi con la quantità d'acqua non dovrebbero averne, ma se sono strutturati come quelli delle piante terrestri il biofilm può tranquillamente girare intorno agli stomi, lasciandoli liberi...
non so di preciso nemmeno io come siano quelli delle piante acquatiche, ma il fatto che il biofilm possa lasciare lo spazio agli stomi sarebbe fattibile, ma inutile vito che l' ossigeno non fuoriesce dagli stomi ma come ho detto rpima dalle membrane cellulari...

ciao

livia 28-09-2009 15:04

Quote:

io dubito che uno strato di batteri sia capace di azzerare l'ossigeno che si produce da una foglia... anche perchè altrimenti sarebbero dolori per l' ambiente acquatico... il resto dell' ossigeno da dove arriverebbe? e inoltre come potrebbe avvenire la saturazione dell' acqua da parte dell' ossigeno?
infatti non lo azzerano, semplicemente lo isolano...per definizione il biofilm non ha una superficie omogena e non copre comletamente ogni superficie, ma lascia libera buona parte dello strato che copre...
una prova del fatto che sulle foglie sono presenti tutti i tipi di batteri coinvolti nel ciclo dell'azoto è nel fatto che mettendo delle piante in acqua di osmosi in una vasca allestita con materiale sterile e inerte, senza aggiunta di bioattivatori il filtro matura lo stesso...e da dove vengono tutti i batteri se non dalle piante?
ok, non sempre sono presenti tutti i ceppi di batteri, ma normalmente le vasche maturano lo stesso e il ciclo si innesca, quindi i batteri ci sono...
ergo, in qualche modo dovranno pur aderire...la sola cosa che i batteri possono fare per isolarsi è produrre una matrice proteica...
inoltre l'ossigeno passa nella matrice, ma non lo si può trovare nella matrice alla stessa concentrazione dell'acqua, quindi è plausibile secondo me che i batteri aerobi siano capaci di azzerare la concentrazione di ossigeno dalla matrice...
quello che non entra nella matrice va a finire in acqua, anche ad alte concentrazioni...

faby 28-09-2009 15:20

be che ci sono batteri sulle piante e ovvio e non lo nega nessuno che centra...

mm io continuo a dubitare che una matrice proteica possa isolarli dall' ossigeno...
perchè se bastasse quello allora non ci sarebbe molto problema a riguardo di anaerobi e aerobi, bastewrebbe che tutti gli anaerobi fossero dotati di un guscio proteico che li protegge dall' ossigeno.
ad esempio gli azotofissatori che sono anaerobi obbligati non possono venire in contatto con l' ossigeno perchè questo inattiva la nitrogenasi, se bastasse uno strato proteico sicuramente sarebbero riusciti ad evolverlo e quindi adesso avremmo azotofissatori che girano indisturbati nelle cascate della marmora... #24

ci sono delle strutture rpoteiche e glucidiche...
si ha:
-capsula: di natura polisaccaridica, alla base della virulenza.
- guaina: simile a capsula, polisaccaridi e amminozuccheri, tipica di cellule acquatiche che la utilizzano per aderire tra di loro e alle superfici per creare biofilm.
- strati proteici: proteine in struttura cristallina formata da monomeri strutturali a riassociazione spontanea, presenti in molti batteri sia gram+ che gram- e anche negli archeabatteri.
- strati mucosi: idenica alla capsula ma non aderisce direttamente alla cellula, è utilizzato per scivolare su superfici.

questo è quello che so a riguardo, dubito però che la mia professoressa si sia dimenticata didirci una cosa così importante come l' isolamento dall' ossigeno...

ad ogni modo si possono cercare altre info...

faby 28-09-2009 15:24

su wikipedia c'è un piccolo articolo a riguardo...

http://it.wikipedia.org/wiki/Capsula_batterica

non vedo isolamenti dall' ossigeno... #24

Paolo Piccinelli 28-09-2009 15:29

"timeo wikipedia et dona ferentes" :-))

livia 28-09-2009 17:16

Quote:

-capsula: di natura polisaccaridica, alla base della virulenza
io sinceramente ricordo che la capsula è capace di isolare anche dall'ossigeno e azotobacter ha la capsula...quindi uno strato proteico può secondo me isolare dall'ossigeno...
comunque in caso la risposta non va cercata a livello di envelope secondo me...ma a livello di matrice...
andando a ragionamento (il poco che ricordavo è finito :-)) ) potrei ipotizzare che a produrre la matrice siano le specie batteriche che lavorano in aerobiosi perché l'energia necessaria per produrre una tale quantità di matrice deve essere parecchia e in termini energetici l'utilizzo di ossigeno è nettamente superiore rispetto ad altri substrati. tale matrice verrà sfruttata da altre specie batteriche che resteranno inglobate al suo interno...
ora, la specie che produce la matrice non sarà diffusa uniformemente in tutta la matrice perché i primi individui che cominciano a produrre proteine moriranno, mentre i nuovi individui resteranno più in alto, continuando a produrre matrici o non so che altro...se i batteri in fondo muoiono lasciano lo spazio per l'insediamento di specie batteriche diverse, capaci di sopravvivere in condizioni anossiche...
in ogni caso si viene a formare uno strato più in basso (più vicino al substrato) privo di cellule, che può essere in qualche modo utilizzato...
se uno strato proteico può isolare dall'ossigeno è anche possibile che si possano instaurare organismi anaerobi all'interno di una matrice...

faby 28-09-2009 18:34

scusami livia... ma le tipologie di rivedstimenti delle cellule batteriche sono scritte sopra, la più diffusa tra i batteri acquatici è la guaina, in questo caso non si distingue tra matrice e envelope...

ad ogni modo non riesco proprio a pensare al fatto che una proteina seppur in struttura quaternaria, seppur fitta possa impedire il passaggio dell' ossigeno...
quando una membrana selettivamente permeabile di una cellula formata da lipopolisaccaridi (fosfatidilcolina) fondamentalmente, e quindi con code idrofobe e teste idropfile, sia invece permeabile all' ossigeno...

livia 28-09-2009 22:16

Quote:

la più diffusa tra i batteri acquatici è la guaina
si ma non è l'unica..
comunque ho cercato con google EPS oxygen e dalle introduzioni dei vari articoli venuti fuori mi sembra di aver capito che la matrice non fa passare ossigeno, o comunque ne fa diminuire la concentrazione dagli strati superiori a quelli inferiori...

faby 28-09-2009 23:33

io ho fatto un giretto su wikipedia, c'è un articolo abbastanza interessante... mettlo a fonte intera e alcune citaizoni...

http://it.wikipedia.org/wiki/Biofilm

La formazione di un biofilm inizia con l'ancoraggio di microrganismi liberamente fluttuanti ad una superficie. I primi "coloni" aderiscono alla superficie inizialmente attraverso deboli e reversibili forze di Van der Waals.

Quote:

Se i batteri colonizzatori non sono immediatamente separati dalla superficie, possono ancorarsi più stabilmente utilizzando molecole di adesione cellulare, come i pili.

Quote:

I primi colonizzatori facilitano l'arrivo di altre cellule mettendo a disposizione diversi siti di adesione cellulare e iniziano a costruire la matrice che permette l'integrità del biofilm. Alcune specie non sono in grado di attaccarsi autonomamente ad una superficie, ma spesso riescono ad ancorarsi alla matrice o ai colonizzatori precedenti. Una volta che la colonizzazione ha avuto inizio il biofilm cresce tramite divisioni cellulari e integrazione di batteri esterni, anche di altre specie.
Un biofilm contenente differenti specie prende solitamente il nome di consorzio batterico, ed è quantitativamente più frequente di biofilm composti da singole specie, più rari e possibili solo a determinate condizioni. Ogni specie presente nel consorzio svolge differenti funzioni metaboliche e presenta solitamente diverso trofismo, richieste di ossigeno o nicchia ecologica. In questo modo il consorzio è più efficiente senza che le diverse specie entrino in conflitto tra loro
Quote:

I biofilm sono composti principalmente da cellule microbiche e matrice extracellulare (EPS). La percentuale di EPS si aggira tra il 50% e il 90% ed è considerata la materia prima del biofilm. Le proprietà chimico-fisiche di questa matrice possono variare molto, ma è principalmente composta da polisaccaridi. L’EPS può essere altamente idratato poiché può incorporare grandi quantità di acqua nella sua struttura tramite legami idrogeno, ma in alcuni casi l’EPS può anche essere idrofobico. La composizione e la struttura dei polisaccaridi determina la conformazione primaria della matrice. In alcuni batteri infatti, lo scheletro della struttura può contenere residui di esosi legati tra loro con legami β-1,3 o β-1,4 , che conferiscono maggiore rigidità, minore deformabilità e in alcuni casi possono influenzare la solubilità. La composizione dell’ EPS non è generalmente uniforme ma può variare spazialmente e temporalmente, infatti la quantità di EPS cresce con l’età del biofilm. Inoltre questa matrice può associare con ioni metallici, cationi divalenti a altre macromolecole, come proteine, DNA, lipidi ed anche acidi umici. A causa della sua elevata idratazione la matrice previene l’essiccamento di alcuni biofilm naturali. Inoltre può contribuire alla resistenza agli antibiotici (un gruppo di bioingegneri ha infatti scoperto che i batteri all’interno del biofilm possono essere eliminati da antibiotici convenzionali se la struttura di queste comunità sessili viene perturbata da ultrasuoni o da campi elettrici a corrente continua) impedendo il trasporto di massa e la diffusione di queste sostanze attraverso il biofilm, probabilmente legando queste molecole direttamente. Alcuni studi hanno mostrato che la stabilità della struttura del biofilm è legata alla presenza di zuccheri neutri, polisaccaridi acidi e aminozuccheri.
non vedo citazioni a riguardo dell' isolamento all' ossigeno dato dalla matrie... poi certamente posso sbagliarmi, ma fino ad ora non o trovato nulla che da anche sol un segnale a tal proposto, si fa un lieve riferimento al fatto che nel biofil coesitano spece con diversi fabbisogni di ossigeno, ma questo non lo nega nessuno.
perchè io dico i denitrificanti sicuramente sono presenti nel biofilm anche supiante ec, il problema è che essendo aerobi facltativi, basta ceh vengano in contatto con l' ossigeno per entrare in una fase in cui non uilizano la denitrificazione per crearsi energia, ma bensì la respirazione.
quindi il punto è, sicuramente ci ono, ma stanno denitrificando o no?

ciao

livia 29-09-2009 08:59

sinceramente non è che mi fidi molto di wikipedia...comunque il fatto che non lo dica non significa che non sia così...
ieri dando un'occhiata ad alcuni articoli ho trovato dei riferimenti al fatto che la concentrazione di ossigeno diminuisce negli strati più interni....
ad esempio ho trovato questo:

http://www.theobio.uni-bonn.de/peopl...kreft/eps.html


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