Rispetto ai punti che hai elencato:

1) neon e cory possono convivere nello stesso acquario visto che hanno bisogno di valori dell'acqua simili (Ph acido, durezze basse), i guppy al contrario non possono convivere con gli altri in quanto necessitano di acqua basica e dura
2) non hai limiti alle piante, unica cosa ricorda che le anubias hanno il rizoma che non deve essere interrato o "soffocato" pena la morte della pianta
3) il fondo di cui parli forse è l'akadama, un particolare fondo che viene utilizzato per i bonsai e a volte in acquario. Ha la particolarità di abbassare le durezze dell'acqua (il kh se non sbaglio) e di conseguenza può causare un abbassamento del ph. Un fondo da acquario che fa lo stesso è il jbl manado.

Sicuramente qualcuno conosce meglio di me l'akadama o il manado, ma ti consiglio un classico fondo per acquari più semplice da gestire. Per le piante che hai elencato penso che un buon fondo fertile (utile per le echinodorus e le cryptocorine) con un fondo inerte sopra possa andare bene.