La parte sotto lasciala solo se devi rinfoltire altrimenti toglila perche è anti estetica.

Tipo se ho una specie di boschetto di Ceratophyllum dici di tagliare la parte sopra e toglierla e di lasciare la parte sotto?

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la parte sopra che è più giovane e bella ripiantala eventualmente elimina la parte sotto se il cespuglio è troppo folto, altrimenti puoi lasciarla ma resta brutta perchè ha la cima mozzata

E da li non continuava crescere?

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continua ad allungarsi ma la cima resta comunque mozzata, al limite parte qualche getto laterale

Quoto tutto quello che ha detto Blackstar la parte sopra la pianti accanto a quella sotto solo nel caso tu voglia infoltire altrimenti pianti la parte sopra al posto di quella sotto che è più brutta.
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Per infoltire puoi anche tagliare i getti laterali e piantarli singolarme dallo stelo madre.