Basta aspirarla con un tubo , io lo faccio quasi ad ogni cambio dell'acqua e in questo modo rimuovo tutta "la sporcizia" :)
Comunque postaci una foto cosi possiamo aiutarti meglio, cosi si capisce male e piu che altro descrivici la tua vasca il litraggio , valori, flora e fauna ecc... senza queste informazioni risulta difficile aiutarti.