SOno convinto nei primi decessi.
Il fondo fertile (Dennerle - spacciato dal negoziante adatto alle caridine), in stato di quiete (coperto da centimetri quarzo ceramizzato) può aver ucciso l'ultima caridina oppure questa è morta per altre ragioni (magari per vecchiaia).

Può essere stata disturbata dagli Endler (ibridati parzialmente con Guppy)?

assolutamente no, e diciamo che in questo caso, visto che hai una situazione particolare in acquario. a mio avviso la percentuale e' 1 su 100. Direi proprio si: Valori e Fondo fertile, di cui le crystal soffrono

io direi di farlo partire da capo l'acquario ,togliendo tutto pulirlo bene e mettendo solo fondo fertile(tranquilli non succede niente) un dito tanta ghiaia fine .
Poi dovresti fare acqua osmosi con sali e portare i microsimens sui 300-350 e kh 2-3 ph6,5 max 7 e devi mettere piante che ti assorbono i nitrati.
Solo caridine niente pesci e niente di calcareo.
Neanche niente fertilizzante.