Io ho solo generalizzato la situazione, nel senso che se avevi coralli e pesci ti avrei consigliato diversamente...
Comincia a misurare i valori, da quanto non fai un cambio di acqua?
Quel pesce non vive li dentro, ma sopravive...

Sono indubbiamente cianobatteri.
Il periodo di buio non c'entra.

L'acquario non e' bene che riceva luce solare diretta, se hai le tapparelle tienile chiuse. Questo potrebbe essere un motivo.

Essendo la storia dell'acquario dubbia (avviato da molto, lasciato vuoto? gestito come? effettivamente ripartire puo' essere una soluzione. Pero' puoi provare a seguire questa strada.

1) Procurati dei cartoni per schermare la luce dalla tapparella.
2) fai un cambio usando un sifone e aspirando quanto piu' possibile il tappetino rosso. Vedrai che basta poco, si stacchera' con facilita' e sara' aspirato via.
3) metti i batteri secondo le dosi consigliate
4) Lascia 3 giorni l'acquairio con le luci spente e con i cartoni a schermare la luce ambiente dai lati in cui e' intensa.
5) il 4 giorno accendi solo le luci blu.

Questo dara' una bella ripulita, ma in breve tornera' il tappetino, se non troviamo la causa primaria. Quindi.....

Nel frattempo esaminiamo la tecnica. Hai lo schiumatoio? Hai la sump?
che pompa hai per la risalita? Che pompe di movimento ci sono e poste dove?
CHe tracimatore hai?

I cianobatteri sono semplicemente batteri molto versatili, che in diversi casi trovano condizioni favorevoli e prolificano, scalzando dalle rocce per competizione i batteri nitrificanti e denitrificanti.

A volte e' un casino trovare le cause e risolvere, ma spesso si tratta di scarso movimento o di scarsa ossigenazione, talvolta di altri valori della chimica dell'acqua sballati.
A volte e' la luce (lampade di gradazione sbalgiata o esaurite)

Intanto dovresti fare un giro dei test classici: PH, KH , Calcio MAgnesio, NO2 NO3 e PO4.
Questo ci dira' gia' qualcosa sullo stato del tuo acquario.

Quindi riassumendo:
descrivici la tecnica citando possibilmente marca e modello delle attrezzature
Fai i test e dicci i risultati.

l'acquario non è il mio....comunque riferirò tutto quello che mi avete detto al mio "capo"!!
Spero di fare il più presto un aggiornamento:-)
Grazie

a me sembra che quelle rocce non sono rocce vive ma normali rocce di fiume e inoltre la sabbia sul fondo in una vasca del genere è decisamente da eliminare.

Algrati.. rocce? riesci a vedere le rocce? :-D
A parte le battute, non ho tutta questa esperienza, sicuramente non sembrano pullulare di vita, ma non sono neanche grandi foto. Pero' e' vero che la forma generale e' abbastanza smussata rispetto alle rocce che sono abituato a vedere.

Per la sabbia hai ragione, soprattutto non conoscendo la storia, ma non conoscendo neanche la tecnica, magari semplicemente non c'e' movimento o non c'e' ossigenazione.... aspettiamo di avere un po' di dati.