Io conosco questa procedura per il Flagyl:

Flagyl. Devi usare 500 mg (normalmente sono 2 compresse, ma controlla) per 50 litri d'acqua, in acquario comune, non è pericoloso per il filtro. Le compresse le sciogli prima in un bicchierino d'acqua tiepida, dovrai rimestare a lungo col cucchiaino, perchè faticano a sciogliersi. Poi versi il contenuto nell'acquario, la sera, a luci spente. Aumenti la temperatura di un paio di gradi, metti l'aeratore e se hai carbone nel filtro lo togli. Dopo 4-5 giorni, fai un cambio e filtri a carbone.

Si può dare anche nel cibo, se i pesci mangiano.
Occhio ai NO3!