In che litraggio? Il filtro è maturo? Data la popolazione, i materiali filtranti li aumenterei, più che ridurli (ossia cambierei il filtro con uno più grande). Il fatto che richieda una manutenzione così frequente potrebbe indicare che è piccolo per la vasca (indicativamente, al mio cambio parte della lana solo ogni 7-8 mesi, per il resto non lo tocco mai).

Non c'è nessuna controindicazione a lasciarli li, se il filtro funziona bene...

6 cannolicchi???
Lascia perdere, il tuo non è un filtro biologico.

Cambia l'acqua parzialmente ogni due giorni con acqua biocondizionata e alla stessa temperatura, e nel frattempo pensa di acquistare un nuovo filtro e una nuova vasca nel caso in cui tu tenga i guppy in un 20 litri. (se era più grande di 20 litri ci sarebbe stato come minimo un filtro interno fatto come si deve)

I cannolicchi in vasca sono utili quanto il ghiaietto, quindi evita.
C'è bisogno di un filtro vero che faccia passare un flusso continuo di acqua nei cannolicchi per alimentare e ossigenare la colonia batterica.

il filtro accumula parecchia sporcizia ma è tutta di origine "vegetale" (i guppy becchettando staccano le foglie morte della limnophila che finiscono lì). essendo di portata 200 l/h pensavo fosse abbastanza potente per 20 litri